กระทรวงยุติธรรมประกอบด้วยหน่วยงานหลัก ได้แก่ สำนักงานปลัดกระทรวง กรมคุ้มครองสิทธิและเสรีภาพ กรมบังคับคดี กรมราชทัณฑ์ และหน่วยงานในสังกัดอื่น ๆ